前期历史圣母院的法文原名“NotreDame”本意“我们的女士”，这位女士不是指别人，正是意指耶稣的母亲圣母玛利亚。圣母院大教堂并不是在它位址上的第一栋宗教性建筑，根据教堂地底下挖出出来的一些文物，该地点被作为宗教用途的历史，可以回溯到罗马的提庇拔大帝（EmperorTiberius）时代，在西堤岛的东半部上有可能设有一座用来祭拜罗马与高卢神祇的神殿。至于在此地址上所修建的第一座基督教教堂，则众说纷纭，圣母院的旧址具有交错的历史，4世纪时是一座用来祭祀圣史蒂芬的基督教教堂，6世纪时又沦为一座罗马式教堂，而这座教堂有12块基石来源于原本罗马神殿的遗址。
也有众说纷纭指出大教堂是在墨洛温王朝（Mérovingiens）的希尔德贝尔特一世（ChildebertI）在528年时，以先前早已不存在的教堂为基础更进一步扩建。到了12世纪路易七世时期，原先的罗马式教堂早已损毁致使，在1160年被任免为巴黎主教的莫里斯·德·苏利（MauricedeSully）要求在这个地方修建一座可以和圣坦尼大教堂（theCathedralofSt.Etienne）相媲美的宏大教堂。
也有史料表明，在这里曾有两个教堂，一个是圣坦尼大教堂，另一个是圣母玛利亚教堂。圣坦尼大教堂早在10世纪时，就早已沦为巴黎、或整个法国的宗教中心。
但是，也于是以因为这样的重要性，人们开始找到原先的圣史蒂芬教堂与其所分担的重任不吻合，再行再加原本的教堂早已随着时间而老旧，而开始思索新的修建教堂。开始修建1160年时，巴黎主教昴熙斯·德·苏利（MauricedeSully）发动教堂的修复计划，教皇亚历山大三世（PopeAlexanderIII）在1163年特地奠基（也有说道是主教苏利奠基），打开了这座法国哥特式建筑代表作的修建工程。
巴黎圣母院始建于1163年，在1345年竣工，建筑总高度大约多达130米，是欧洲历史上第一座几乎哥特式的教堂，具备划时代的意义，也是巴黎历史悠久最不具代表性的古迹。该教堂曾多次是全欧洲工匠的组织和教育的组织集会的地方。因为这些历史渊源，巴黎最知名的索邦大学（Sorbonne），之后座落在此。1182年从唱诗堂开始建设，动工后教堂的修建速度十分慢，因此在1182年教皇的使者送还了新的祭坛之后，圣母院的基本功能却是大体成形。
仍然到这阶段后，工人们才开始将原有的教堂拆毁（中古时代，原有教堂并会在新的教堂起建初期就拆毁，以沿袭教堂日常的宗教性运作）。在圣母院的修筑计划中，新的建物要比原建物东移，以便在教堂前方留出一个可以作为集会用途的广场。
为超过此点，昴熙斯主教将一个原本是孤立无援在西岱岛东边的小岛与本岛连接，以碎石的方式产生出有可以建筑教堂的用地。除此之外他也改建了不少屋舍，以便能铺设一条全新的街道“新的圣母院路”（RueNeuveNotre-Dame），这条六米长的街道是中世纪时巴黎仅次于的一条街。至于主教宅邸与教堂附设的医院（主宫医院），则因为岛上用地严重不足之故，不得不迁入到塞纳河南岸。
接着1208年修建了中殿。在1225-1250年间，建成了圣母院西侧正立和后面尖塔，在1235年到1250年期间在中殿内相继减少很多礼拜堂。1250-1267年，尚能·德·谢耶（JeandeChelles）和皮耶·德·蒙特厄依（PierredeMontreuil）负责管理改建了教堂的十字交叉耳堂北面正立。
1296-1330年，皮耶·德·谢耶（PierredeChelles）和尚·哈维（JeanRavy）已完成了半圆形后殿，其中谢耶将门龛改回现今看见的模样，而哈维则已完成了唱诗班屏风。教堂双塔造型的正面仍然到转入13世纪以后、在第三任建筑师尚能·哈维的手上才动工，并在1220年代时，由第四位建筑师维优雷·纳·杜克与舱顶部分黏合、一起已完成。经由法国几代各式各样手工艺师傅们：石匠师、木匠师、铁匠师、雕刻师、玻璃雕切师们等等的前赴后继，圣母院最后在1345年竣工，耗时将近两个世纪。修缮计划18世纪末的法国大革命时期，教堂的大部分财宝都被毁坏或者劫掠，恣意可见被移位的雕刻品和斧头了头的塑像，唯一的大钟幸免于难没被熔毁，此时圣母院已是千疮百孔了。
之后教堂改回理性圣殿，后来又变为藏酒仓库，直到1804年拿破仑掌权时，才将其还为宗教之用。修缮计划于1844年开始，由历史学家兼任建筑师奥莱·纳·迪克（EugeneViollet-le-Duc）主持人，再现了圣母院再一的光彩。在1845年，拉素斯（Jean-Baptiste-AntoineLassus，1807-1857）和维优雷·纳·杜克（Viollet-le-Duc）负责管理全面翻修教堂，工程持续了23年，修葺了尖顶和圣器堂，因此今日我们看到的巴黎圣母院，有十分多的要素是由他们来新的演绎的。
在今日，圣母院仍然是法国哥特式建筑的旷世杰作，并完全维持了最初的完整风貌。圣母院也展现出了哥特式教堂的发展史。
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